• في 12 أغسطس /آب 1993 أدرجت وزارة الخارجية الأمريكية السودان في قائمة الدول الراعية للإرهاب رداً على استضافته زعيم تنظيم القاعدة أسامة بن لادن.
  • وفي عام 1996 أوقفت الولايات المتحدة عمل سفارتها في الخرطوم.
  • في 3 نوفمبر /تشرين الثاني 1997 أصدر الرئيس "بيل كلينتون" قراراً تنفيذياً بفرض عقوبات مالية وتجارية على السودان، تم بموجبها تجميد الأصول المالية السودانية، ومنع تصدير التكنولوجيا الأميركية له، وألزمت الشركات الأمريكية، والمواطنين الأميركيين، بعدم الاستثمار والتعاون الاقتصادي مع السودان. وجاء في القرار إن "السودان يمثل مصدر تهديد لأمن الولايات المتحدة القومي ولسياستها الخارجية".
  • في اغسطس/آب 1998 شنت الولايات المتحدة هجوماً صاروخياً على مصنع الشفاء للأدوية في السودان بسبب قيام المصنع بانتاج المواد الكيميائية التي تدخل في صناعة أسلحة الكيميائية حسب قالت الولايات المتحدة في أعقاب الهجوم على سفارتي الولايات المتحدة في العاصمة الكينية نيروبي وعاصمة تنزانيا دار السلام.
  • 2002 صدر "قانون"سلام السودان" ربط العقوبات الامريكية على السودان بالتقدم الذي يتم إحرازه في المفاوضات مع الحركة الشعبية لتحرير السودان.
  • في عام 2006 أصدر الكونغرس "قانون سلام السودان" الذي ربط العقوبات الأميركية بتقدم المفاوضات مع الحركة الشعبية لتحرير السودان.
  • كما فرض الكونغرس في عام 2006 عقوبات إضافية ضد "الأشخاص المسؤولين عن الإبادة الجماعية وجرائم الحرب والجرائم ضد الإنسانية" بسبب اعمال القتل والانتهاكات الواسعة في اقليم دارفور غربي السودان. واصدر الرئيس الامريكي جورج بوش الابن قراراً بالحجز على اموال 133 شركة وشخصية سودانية في نفس العام.