تم تأسيس هذه المحكمة بتاريخ 10 كانون الاول 2003، وقد أختصت بالنظر في الجرائم المرتكبة ضد الانسانية للفترة من بداية الأنقلاب في 17 /7/68 ولغاية 1/5/2003، وتسري ولايتها على جميع العراقيين داخل أو خارج العراق الذين ارتكبوا الجرائم خلال تلك الفترة بما في ذلك الجرتئم المرتبطة بالحرب ضد الجمهورية الأسلامية الآيرانية وأحتلال دولة الكويت، وكذلك الجرائم المرتكبة بحق العراقيين عرباً وأكراداً وتركماناً وكلدان وآشوريين ومهما كانت دياناتهم وأجناسهم وافكارهم ، ويكون مقر هذه المحكمة في العاصمة بغداد غير أن للمحكمة أن تعقد جلساتها في أية محافظة من محافظات العراق وفق الظروف التي يقررها رئيس المحكمة. كما منح القانون للمحكمة المذكورة أولوية التقدم على جميع المحاكم فيما يتعلق بولايتها على الجرائم المذكورة، ولها أن تطلب من أية محكمة أن تنقل اليها أية قضية مما ورد في أختصاصها النوعي. وتوصيف المحكمة القانوني كونها محكمة جنايات تلتزم بكل مقومات محاكم الجنايات في العراق سواء في التشكيل القضائي أو في آليــة عملها القضائي والقانوني وسير المحاكمات فيها، وتتشكل من قضاة عراقيين وتلتزم بتطبيق القوانين العقابية العراقية وقانون أصول المحاكمات الجزائية.
وتشرف على أعمال هذه المحكمة هيئة تمييزية متشكلة من قضاة من الأصناف المتقدمة تتألف من تسعة قضاة يتم اختيارهم رئيساً من بينهم، تختص بالنظر في القرارات والأحكام التي تصدرها محكمة الجنايات العراقية الخاصة، كما يجوز أن تتفرع المحكمة الخاصة الى أكثر من محكمة، بالأضافة الى أشراف محكمة الجنايات العراقية الخاصة على أعمال قضاة التحقيق وهم من القضاة المشهود لهم بالسمو الأخلاقي والنزاهة والأستقامة ويتصف بالكفاءة اللازمة لأشغال هذه المهمة، ويتم أختيار رئيس فريق التحقيق من بين قضاة التحقيق وفق أختيار رئيس محكمة الجنايات.
ولكل قاضي تحقيق قضية يتم احالتها عليه من قبل رئيس محكمة الجنايات، حيث يقوم بسلوك مايراه مناسباً وفق النصوص القانونية في قانون اصول المحاكمات الجزائية، وتكون قرارات قاضي التحقيق قابلة للطعن تمييزاً أمام الهيئة التمييزية خلال مدة خمسة عشر يوماً من تاريخ التبلغ به او اعتباره متبلغاً به. ومع قاضي التحقيق ومع المحكمة تكون هيئة الأدعاء العام التي تتصرف بأستقلالية تامة وهو جهاز منفصل عن المحكمة. وترتبط بالمحكمة دائرة تختص بالقضايا الأدارية تكون مسؤولة عن الشؤون الأدارية والمالية والخدمية للمحكمة. وللمحكمة ولاية على جميع العراقيين أو غير العراقيين المقيمين في العراق والمتهمين بأرتكاب الجرائم التي تم ارتكابها ضمن المدة التي ذكرناها وتشمل الجرائم التالية :
1-جرائم الأبادة الجماعية والتي تعني الافعال المرتكبة بقصد اهلاك جماعة قومية او اثنية او عرقية او دينية بما فيها قتل وأفراد الجماعة والحاق ضرر جسدي أو عقلي جسيم بافراد من المجتمع، وأخضاع الجماعة عمدا لاحوال معيشية يقصد بها اهلاكها الفعلي كليا او جزئيا، وفرض تدابير تستهدف منع الأنجاب ونقل الأطفال من جماعة الى أخرى.
2-الجرائم ضد الانسانية
3-جرائم الحرب والتي تعني الخروقات الجسيمة لاتفاقيات جنيف بما فيها قتل العمد والتعذيب او المعاملة اللاأنسانية بما فيها التجارب البيولوجية، وتعمد احداث معاناة شديدة او الحاق اذى خطير بالجسم او بالصحة والحاق تدمير واسع النطاق بالممتلكات والاستيلاء عليها دون ان تكون هناك ضرورة عسكرية تبرر ذلك وبشكل مخالف للقانون وبطريقة عابثة، وتعمد حرمان أي اسير حرب أو شخص محمي من حقه في أن يحاكم محاكمة عادلة ونظامية، والحجز غير القانوني والأبعاد والنقل غير القانوني.
4-الأنتهاكات الواقعة على القوانين العراقية والأعراف الواجبة التطبيق على المنازعات الدولية المسلحة في النطاق الثابت للقانون الدولي ومنها تعمد توجيه هجمات ضد السكان المدنيين بصفتهم المدنية.
كما تسري الولاية القضائية لهذه المحكمة على مرتكب جرائم التدخل في شؤون القضاء أو محاولة التأثير في اعماله فيما يعد انتهاكا لنصوص الدستور العراقي المؤقت وكل القوانين الأخرى. وتسري الولاية كذلك على المحاسبة على سوء أستخدام المنصب والسعي وراء السياسات التي تؤدي الى التهديد بالحرب أو استخدام القوات المسلحة ضد أية دولة عربية.
وتقوم المحكمة المذكورة بتطبيق أحكام الفاعل الأصلي والشريك التي نص عليها قانون العقوبات العراقي النافذ أو النصوص التي أوردها قانون المحكمة في التطبيقات القانونية.
ولذا أكدت المحكمة انها في حال الفراغ القانوني في نصوص قانونها فيصار الى تطبيق نصوص قانون العقوبات البغدادي للفترة من 17/7/68 ولغاية 14/12/68 تاريخ تشريع قانون العقوبات النافذ الذي يبدا من 15/12/68 ولغاية 1/5/2003 دون مراعاة لأي تعديل جرى على هذا القانون، او نصوص قانون اصول المحاكمات الجزائية.
وفي كل الأحوال فأن قاضي التحقيق يقوم بأجراءات التحقيق وجمع الأدلة وتقييم المعلومات المتوفرة امامه وتقليب الاسانيد والدلائل ومن ثم تدقيق وموازنة هذه الأدلة ليقرر ما أذا كانت هذه الأدلة تكفي للأحالة فيحيلها على المحكمة الجنائية الخاصة أو انه لايجدها كافية للأحالة فيقرر الأفراج عن المتهم.
وفي كل الأحوال فأن للمتهم الحق في طلب محامي لمساعدته قضائيا تدفع الدولة اتعابه أذا لم يتمكن المتهم من الدفع، وطالما كان المحامي الرئيسي عراقي يحق للمتهم أن يستعين بمحامي غيرعراقي معه.
ومن الجدير بالذكر أن المحكمة المذكورة والهيئات التمييزية المشرفة عليها تتشكل منقضاة عراقيين خبروا العمل القضائي وعملوا ضمن منظومة المؤسسة القضائية العراقية، بالأضافة الى ألتزامهم بتطبيق النصوص القانونية والأسس في العمل التحقيقي وفي المحاكمة وفي تدقيق القرارات والأحكام، كما أن هذه المحكمة تتبع الأسس والنصوص القانونية ولاأشراف أو تبعية لأحد أو لجهة ما عليها سوى سلطة القانون. كما تتبع هذه المحكمة في جميع مراحل التحقيق الأبتدائي والقضائي والمحاكمة ليس فقط الضمانات التي رتبها القانون للمتهم، وانما تضع في أعتبارها الضمانات الحقيقية التي نادت بها مباديء حقوق الأنسان والمعاهدات الدولية. وبهذا فأن المحكمة بالأضافة الى كونها ستمثل الوجه الجديد المقتدر والناصع للقضاء العراقي، فأنها تشكل جزء فاعل ومهم من جسد المؤسسة القضائية العراقية.