نفى الشيخ مصطفى اليعقوبي بشكل "قاطع" أن يكون البيان الذي يتهم السنة ويثير النعرات المذهبية قد صدر عن الحوزة العلمية في النجف، موضحاً، للمؤسسة اللبنانية للإرسال "ال بي سي"، أنه "حتى لو ثبت بالأدلة أن سنياً قام بهذا العمل فهذا لا يعني أن السنة مؤاخذون"، ومؤكدا أنه "لا يمكن أن يصدر منهم (السنة) هذا الفعل... هؤلاء (من نفذوا الاعتداء) خارجون عن السنة".
وقال مصدر مطلع من الحوزة لصحف لبنانية إن "عنوان الحوزة العلمية في النجف لا يدل على شيء، والبيانات المسؤولة في النجف تنسب عادة إلى أصحابها الذين لا يحاولون التخفي. أما والمسألة تصب الزيت على نار الفتنة الطائفية فإن البيان أقرب إلى المنطق الأميركي المرتبك والذي يحاول أن يغطي فشله بنقل الإرباك إلى صفوف العراقيين والمسلمين جميعا، والحوزة في النجف في مجال المواقف والتوجهات هي مراجع تقليد معروفون بأسمائهم وأسماء مساعديهم، يدققون في بياناتهم كما يدققون في صلاتهم، وهم أهل توحيد ووحدة ولا يلقون بالكلام جزافا".
ونفت مكاتب مراجع التقليد في بيروت علمها بصدور هذا البيان عن مراجع النجف. كما نقلت جريدة "السفير" عن مكتب السيد محمد بحر العلوم في النجف لتبيان حقيقة الأمر فلم تجده، وإنما رد عليها ابنه السيد محمد علي الذي نفى نفياً قاطعاً صدور بيان كهذا عن الحوزة النجفية.